Háfell var stofnað 31. mars 1979 sem samvinnufélag. Fyrsta árið starfaði fyrirtækið aðallega sem vélaleiga en fljótlega fór fyrirtækið að taka þátt í útboðum.

Um áramót 1985-1986 urðu kaflaskipti í sögu Háfells þegar Eiður Haraldsson og fjölskylda hans yfirtóku rekstur fyrirtækisins og var skráningu þess þá breytt úr samvinnufélagi í einkahlutafélag. Háfell ehf hefur nánast eingöngu starfað á útboðsmarkaði upp frá því. Fyrirtækið hefur frá þeim tíma aðallega unnið fyrir opinbera aðila, svo sem Vegagerðina, Reykjavíkurborg, Kópavogskaupstað, Hafnarfjarðarbæ ofl . Einnig vann Háfell alla jarðvinnu við álver Norðuráls hf á Grundartanga.

Árið 1998 byggði Háfell verkstæðis- og skrifstofuhús yfir starfsemi sína að Krókhálsi 12 í Reykjavík. Sumarið 2006 var starfsemi skrifstofunnar hins vegar flutt frá Krókhálsi í nýtt skrifstofuhúsnæði að Skeifunni 11. Núverandi staðsetning á skrifstofu fyrirtækisins er að Skeifunni 19.
Árið 2006 skrifaði Háfell undir samning við Vegagerðina um gerð Héðinsfjarðarganga í samvinnu við tékkneska verktakafyrirtækið Metrostav as. Verklok voru 1. desember 2009.

Þann 11. maí 2007 urðu enn á ný kaflaskil hjá fyrirtækinu þegar nýjir eigendur tóku við af Eiði Haraldssyni en þeir voru Skarphéðinn Ómarsson og Jóhann Gunnar Stefánsson. Í apríl 2013 selur Jóhann Gunnar Stefánsson hlut sinn í félaginu til Skarphéðins Ómarssonar. Í dag eiga Skarphéðinn og Linda Arilíusdóttir eiginkona hans alla hluti í Háfelli ehf.